在《燃烧的蔬菜》第二季之《家园保卫战》中,海岛上的蔬菜,依然边过着和同伴生活、嬉戏的日子,边提防着变异动物的入侵。不同的是,第二季中,变异动物部落对蔬菜家园的入侵开始变本加厉,而邪恶的基因博士的神秘真面目,也逐渐浮现冰山一角。因此,面临着更加严峻形势,蔬菜们也各自使出看家本领,势要保卫家园。