故事发生在第1集结束2年后,彼得・帕克继续过着自己的双重生活,平时是性情温和的大学生,晚上则化身为拥有超能力的英雄蜘蛛侠,可是这两者之间的微妙平衡却越来越难以维系,爱人、朋友和慈爱的阿姨都开始怀疑他的真实身份;同时他还多了个更可怕的敌人——章鱼博士,彼得・帕克必须用尽全力对付这位邪恶魔头的疯狂计划。