在新宿街头的其中一条后巷,由老闆独自经营的小食堂,营业时间由深夜0时到早上的7时左右,在门帘上仅仅写着「めしや」,被常客称呼为「深夜食堂」。虽然菜单只有少少的几道菜,但老闆表示,只要自己可以製作的食物都可以叫。故事就以只在深夜营业的这间食堂为舞台,描述主人与客人间的心灵交流。